เนื่องจากการจ่ายค่าคอมมิชชั่นให้แก่ตัวแทน Affiliate เป็นการจ่ายนอกระบบร้านค้าออนไลน์ตามแต่เจ้าของร้านค้าออนไลน์ และตัวแทน Affiliate ตกลงกัน ดังนั้นทางเจ้าของร้านค้าออนไลน์มีหน้าที่ในการบันทึกประวัติการชำระเงินดังกล่าวด้วยตนเอง  โดยขั้นตอนการเก็บประวัติการชำระเงินค่าคอมมิชชั่น แบ่งออกเป็น 3 หัวข้อดังนี้
        - การแก้ไขค่าคอมมิชชั่นที่รอการตรวจสอบ
        - การเก็บประวัติการชำระเงินแบบเต็มจำนวน
        - การเก็บประวัติการชำระเงินแบบไม่เต็มจำนวน